La pregunta queda bastante clara.

Sin tener en cuenta la legislación del transporte, estaríamos en el supuesto de un autónomo que conduciría un vehículo titularidad de un empresario distinto pero... ¿en qué actividad estaría dado de alta en hacienda ese "autónomo"? ¿Que vehículo declararía en estimación objetiva (módulo)?. En ninguna ya que no desarrollaría ninguna actividad empresarial ni podría declarar con un vehículo que no es de su propiedad.

El autónomo en el transporte es una empresa física sujeta al cumplimiento de unas exigencias legales muy concretas: Estar en posesión del correspondiente título de capacitación profesional, disponer de vehículo (o vehículos) a su nombre y otros tantos requisitos. Ese autónomo no cumpliría estos requisitos.

Por otro lado el titular de la autorización de transporte debe tener contratados los conductores en el régimen de seguridad social que corresponda, y en consecuencia, estos trabajadores deben mantener relación laboral. Es evidente que "ese trabajador autónomo" no mantendría ninguna relación laboral con la empresa titular de la autorización de transporte.

Esta explicación puede extenderse más pero con las ofrecidas queda claro que no es viable su pretensión.